Program Cyber PJJ PAI IAIN Syekh Nurjati Cirebon sebagai pilot project Menteri Agama (Menag) H. Yaqut Cholil Qoumas. IAIN Syekh Nurjati menjadi kampus Perguruan Tinggi Keagamaan Indonesia berbasis Cyber Islamic University yang pertama kali dengan nama Universitas Islam Siber Syekh Nutjati Indonesia yang didukung oleh Presiden, Wakil Presiden, Komisi VIII DPR RI, serta pemerintah daerah. Program unggulan ini menawarkan beasiswa khusus bagi Guru Agama Islam dan Pondok Pesantren di seluruh Nusantara dengan sistem perkuliahan (100%) Full Online sampai semester VIII.
Pendidikan Jarak Jauh (PJJ) PAI Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan berbasis Siber. Tahun akademik 2021/2022 sebaran mahasiswa terdapat di 26 provinsi di Indonesia. Tahun akademik 2022 ini menawarkan 2000 beasiswa. Sebagai piloting Program Studi Pendidikan Jarak Jauh Pendidikan Agama Islam (PAI) IAIN Syekh Nurjati Cirebon yang telah memperoleh Akreditasi Unggul.
